Kmeňové bunky aplikujeme rôznymi spôsobmi, individuálne, v závislosti od ochorenia a fyzického stavu každého pacienta. Pacienti zvyčajne dostávajú niekoľko aplikácií kmeňových buniek v priebehu celého liečebného protokolu.
Intravenózne (IV) : najbezpečnejšia a najjednoduchšia metóda aplikácie kmeňových buniek do tela. Anestézia sa nevyžaduje. IV podanie zvyčajne trvá asi 1 hodinu, pacient však ostáva minimálne 4-5 hodín po podaní na pozorovanie a následne je prepustený do domáceho liečenia.
Intraartikulárna (IA) : kmeňové bunky sa aplikujú priamo do postihnutého kĺbu na operačnej sále, pri bedrách pod kontrolou RTG prístrojom . Táto metóda sa bežne používa pri artritíde. Intraartikulárna aplikácia je bezpečná a nevyžaduje anestéziu.
Lokálne – kmeňové bunky sa aplikujú priamo do postihnutej oblasti. Podľa aplikácie sa podáva lokálne anestetikum, v prípade potreby aplikácia prebieha v celkovej anestéze.
Intratekálne ( IT ) : IT podávanie je ideálne pre neurologické stavy, pretože kmeňové bunky sa vpichnú priamo do miechového kanála. To im umožňuje bunkám prístup k mieche a mozgu. Počas procedúry aplikuje skúsený anestéziológ kmeňové bunky do miechového kanála cez dolné stavce v lokálnej anestézii. Aplikácia sa uskutočňuje za sterilných podmienok na operačnej sále. Keď sú kmeňové bunky vo vnútri miechy, môžu získať prístup k mieche a do mozgu. Podanie zvyčajne trvá asi 30 minút. Pacient však ostáva na pozorovanie minimálne 6 hodín, ideálne cez noc.
Vo forme spreja do nosa – špeciálny a na mieru pripravený roztok s obsahom kmeňových buniek sa vstrekne priamo do nosovej dierky.